Сөйтіп жоңғар тепкісінен азат болып, енді еңсесін көтере бастаған Оңтүстік қазақтарына Орталық Азия хандықтарының шапқыншылықтары күшейді. ХVІІІ ғасырдың соңында оңтүстік қазақтары Бұқара, Хиуа, Қоқан хандықтарымен тығыз байланысып жатқан болатын. ХІХ ғасырдың басы Қоқан хандығының мейлінше күшейген кезеңі еді. 1810 жылы Омар хан Шымкентке шабуыл жасады. Қала мен оның өңірі өте қатаң бақылауға алынды. Шымкентті алғаннан кейін кешікпей келесі жорық Сайрамға бағытталып, үш күн бойы қоршалып, қазақтар қоқандық әскерлерге қарсы аянбай соғысты. Бірақ, күші басым қоқандық әскерлер бекініс қақпасын қиратты, қаланың көп жері талқандалды. Осымен қазақтардың Ташкент, Шымкент, Сайрам қалалары Қоқан хандығының қоластына өтті. Осылайша оңтүстік өңірін қоқандықтардың отарлауы басталды. Осыдын кейін Қоқан ханы Омар бір жағы Түркістан өңіріне, екінші жағы Қаратаудың арғы бетіндегі далалық аймаққа, үшінші жағы Жетісу өңіріне қарай шабуыл жасады.
1940 жылдардың басындағы Қоқан хандығының күші Омар хан кезіндегіден бәсеңдеді. 1842 жылға дейін билік жүргізген Мұхаммед Әли, одан кейін 1845 жылыға дейін тақта отырған Шералы өзінен кейінгілерге едәуір төмендеген экономиканы мұраға қалдырды. Ханды өлтіріп, орнына Мұраттың отырғанына бірнеше күн болмай, оны тайдырып, түрлі талас-тартыстардан кейін таққа Шералының он үш жасар баласы Худояр отырғызылды.
ХІХ ғасырдың ІІ-жартысында Ресей өкіметі Қоқан хандығын жаулап алуға кірісті. Бұқар мен Қоқан хандығын өте қолайлы плацдарм деп қарады. Іштей әлсіреген Қоқан хандығы жақсы қаруланған Ресей әскріне айтарлықтай қарсылық көрсете алмады. Ресей әскері 1865 ж. Ташкентті, Ходжентті алды. Хандығының едәуір бөлігінен айырылған Худояр хан алым-салық мөлшерін көбейтті. Мұның өзі халық наразылығын туғызып, 1873-1876 ж.ж. халық көтерілістері болды. 1876 жылы 18 ақпанда Қоқан хандығы жойылып, оның орнына Түркістан генерал-губернаторлығына бағынатын Ферғана облысы құрылды.
Хан Кенесары Қасымұлы (1802, Көкшетау өңірі — 1847, Қырғызстан, Кекілік-Сеңгір аңғары) — мемлекет қайраткері, әскери қолбасшы, қазақ халқының 1837–1847 жылдардағы ұлт-азаттық қозғалысының көсемі, Қазақ хандығының соңғы ханы (1841–1847). Кенесары Шыңғыс ханның 27-ші ұрпағы, Абылай ханның немересі.Кенесары Қасымұлы бастаған ұлт-азаттық қозғалыс (1837-1847ж.ж) — қазақтардың патша үкіметіне қарсы барынша бұқаралық және ұзаққа созылған көтерілістерінің бірі болды.
Көтерілістің себептері, мақсаты және қозғаушы күштері 1837 жылы Кенесары Қасымұлы бастаған көтеріліс басталды. Ол Қазақстандағы ірі көтерілістердің бірі еді. Оған үш жүзді қазақтары түгел қатысты. Кенесары тарих сахнасына өзінің ұлы бабасы Абылайханның ісін жалғастырып, алға алып барушы ретінде шықты.
XIX ғасырдың 20 — 30-жылдарында отаршыл өкіметбилігі мен қазақ халқының арасындағы қарым-қатынас елеулі түрде шиеленісе түсті. Біріншіден, Кіші жүз бен Орта жүздегі хан билігінің жойылуы сұлтандардың, билердің және батырлардың едәуір бөлігінің наразылығын туғызды. Екіншіден, патша үкіметі қазақ халқының ежелден келе жатқан дәстүрлі жерлерін әскери бекіністер салу үшін жаппай тартып ала бастады. Үшіншіден, бұрын Ресейге ешқандай алым-салық төлеп көрмеген қазақтарға ендігі жерде жасақ, түтін салығы, жол салығы сияқты алым-салық түрлері көбейе түсті, қазақ өз жерін өзі жалға алып, пайдаланатын күй кеше бастады. Төртіншіден, патша үкіметінің әскери отрядтары қазақ ауылдарына шабуыл жасап, күн көрсетпеді. Осының бәрі байырғы жергілікті халықты (номадтарды) қатты күйзеліске ұшыратты, олардың күн көрісін қиындатып жіберді.
Көтерілістің басты мақсаты қазақтардың патша үкіметі тартып алған ежелгі жерлерінөздеріне қайтарып алу, округтерді тарату, отаршылар енгізген алым-салықтарды жою еді.Көтерілістің қозғаушы күші қатардағы қарапайым көшпелілер, сондай-ақ старшындар мен би, батырлар, тіпті сұлтандар да болды. Көтерісшілердің қалың қолына үшжүздің атақты батырлары жетекшілік етті. Сұлтан Кенесары 1802 жылы дүниеге келген. Ол Қасым сұлтанның бел баласы, Абылай ханның туған немересі еді. Көтерілістің болашақ басшысы Кенесары бала кезінен-ақ ат құлағында ойнады, құралайды көзге атқан мерген болды. Қанжығасы қанды ғажайып аңшылығымен, қара қылды қақ жарған әділдігімен, ерік-жігері, қажымас қайратымен және жүрек жұтқан батылдығымен, қайтпас қайсар қаһармандығымен тaнылды.
